Ферменты, ответственные за ассимиляционный путь, репрессируются высокими концентрациями аммония; диссимиляционные редуктазы репрессируются O2 и синтезируются в анаэробных условиях.
Микроорганизмы, осуществляющие нитрат-нитритное дыхание (например, Е. coli), восстанавливают нитрат до нитрита с помощью нитратредук- тазы А. В переносе электронов и образовании энергии в виде ATP участвует дыхательная цепь, при этом нитрит может накапливаться в среде. Нитрит, который используется в конструктивном обмене, восстанавливается до аммиака ферментными системами, не связанными с дыхательной цепью, путем ассимиляционной нитритредукции. В результате ассимиляционного восстановления возможно выделение NH/ в среду (нитратная аммонификация). NADH-зависимое восстановление нитритов при участии цитоплазматической нитритредуктазы обеспечивает клетку потенциальным источником азота для роста, при этом из NADH регенерируется NAD+, увеличивается рН среды и из цитоплазмы удаляется нитрит - токсичный продукт первой стадии восстановления нитратов. Для Е. coli этот путь восстановления обусловливает от 50 до 95% общей нитрит-восстановительной активности при росте на глюкозе.
Диссимиляционная нитратредукция обнаружена не только среди многих видов бактерий (главным образом факультативных анаэробов, например, энтеробактерий), но и у дрожжей, грибов и высших растений. Дрожжи pp. Candida и Rhodotorula являются главными агентами диссимиляции нитратов в нейтральной и слабокислой среде в процессе силосования.
Денитрификации - восстановление с помощью микроорганизмов- денитрификаторов азота нитратов и нитритов до газообразного молекулярного азота и закиси азота.
Процесс денитрификации обнаружен исключительно среди бактерий (так называемых «истинных денитрификаторов»), многих видов факультативных аэробов и анаэробов (Pseudomonas, Bacillus, Micrococcus, Proteus, Alcaligenes, Neisseria, Achromobacter и др.). Денитрифицирующей способностью обладают и клубеньковые бактерии, симбиотические азотфиксаторы p. RhizMum.