Отходы можно разделить на две группы. Первую группу составляют отходы, вредное действие которых на окружающую среду нейтрализуют разложением, складированием, захоронением и т.п. Во вторую группу входят отходы, которые как вторичные материальные ресурсы, направляют на переработку на те предприятия, где они образуются, или в другие отрасли народного хозяйства.
В промышленно развитых странах в год накапливается до 5 τ (по сухой массе) отходов в расчете на человека. Доля отходов, перерабатываемых в полезные продукты (рециркулируемых), в общей массе составляет 10-20%. В Москве на каждого жителя столицы приходится 350 кг бытовых отходов. В основном отходы вывозят на свалки или сжигают. Доля же рециркулируемых или биологически перерабатываемых отходов крайне незначительна.
Для экобиотехнологии представляют интерес отходы обеих групп, и в первую очередь, природные органические вещества как сырье для получения различных продуктов микробиологического синтеза.
Для биологической переработки пригодны следующие отходы.
Древесина хвойных и лиственных пород и ее компоненты: целлюлоза и гемицеллюлоза, лигнин, кора. В России отходы лесосечных участков (ветви, кора, сучья, верхушки других деревьев) используются плохо, поскольку их тяжело собирать и вывозить. Целесообразнее использовать отходы на заводах по переработке древесины.
Отходы целлюлозно-бумажной промышленности: предгидролизаты и сульфитный щелок. Предгидролизаты образуются при первичной обработке древесной щепы горячей водой для удаления гемицеллюлозы. При этом содержащаяся в древесине связанная уксусная кислота переходит в водный раствор, создавая в нем слабокислую реакцию (рН ~ 4,5), что способствует частичному гидролизу гемицеллюлозы и накоплению в водном растворе продуктов ее деполимеризации. Из 1 τ перерабатываемой древесины образуется до 6 м3 предгидролизатов.