Применение генно-инженерных штаммов перспективно и для повышения эффективности микробиологических процессов в почве и водоемах, повышения эффективности очистки экосистем от токсикантов и вредных веществ, нефти и нефтепродуктов, фенолов, пестицидов и гербицидов, ПАВ и пр. С помощью клонирования метанобразующих и метанокисляю- щих микроорганизмов можно совершенствовать технологии получения источников энергии. Перспективны разработки в области генной инженерии фотосинтезирующих бактерий.
Опасными считаются следующие потенциальные (часто гипотетические) последствия использования генетически модифицированных микроорганизмов:
• бурное размножение ГММО в окружающей среде и их пространственная экспансия;
• накопление в избыточных и неконтролируемых концентрациях новых патогенных микроорганизмов и токсичных или биологически активных веществ (например, гормонов, продуктов онкогенов);
• передача организмам генетического материала, кодирующего токсичные вещества или другие опасные свойства, возникновение и распространение неизвестных заболеваний человека, животных и растений;
• передача патогенным микроорганизмам маркерных генов, которые кодируют резистентность к клинически значимым антибиотикам, в результате чего микроорганизмы-реципиенты становятся устойчивыми к антибиотикотерапии;
• выработка новых продуктов в результате изменения генов или сверхсинтеза продуктов немодифицированных генов, эффекты множества генов (плейотропия), а также вторичные эффекты от генетических изменений, приводящие к образованию вредных веществ в природных средах;
• побочные воздействия (например, аллергенность) новых или модифицированных белков;
• ухудшение качества выпускаемых пррдуктов, изменения структуры и/или функции продуктов, за синтез которых ответственны модифицированные гены.